Arten- und Biotopschutz

Aufgrund der natürlichen Eingangslosigkeit werden in der Barbarossahöhle keine größeren Tiere angetroffen und sind auch Fledermäuse eher sehr selten. Trotzdem beherbert die Höhle eine artenreiche und individuenreiche Fauna. Nachgewiesen wurden Strudelwürmer, Krebse, Spinnen, verschiedene Insekten, wie z.B. Zweiflügler und Käfer sowie Boden- und Grundwasserorganismen, die sich wegen ihrer geringen Größe einer Beobachtung entziehen. Sie ernähren sich von Resten zerfallener Tiere und Pflanzen, die über Verbindungen der Höhle zur Erdoberfläche eingetragen wurden. Noch nicht ausreichend erörtert ist die Frage nach der natürlichen Fauna im Vergleich zu der heutigen, durch die künstlichen Zugänge  und den Besucherstrom veränderten.

Als besonders bedeutungsvoll einzustufen ist der Nachweis

• des Ringelwurms Troglochaetus beranecki DELACHEAUX (Schulze und Uhlmann 1960)
• von Lößschnecken (Meissner 1957)

Beim Ringelwurm handelt es sich um ein echtes Grundwassertier und entwicklungsgeschichtlich gesehen um ein Tertärrelikt.
Die pleistozänen Lößschnecken in den Höhlensedimenten beweisen zusammen mit anderen Indizien die Existenz einer offenen Wasserverbindung zum Pfannenspring, einer Quelle 400 m nördlich der Barbarossahöhle.